ئىلى ئىنقىلابى پارتلاپ غۇلجادا شەرقىي تۈركىستان جۇمھۇرىيىتى جاكارلانغان مەزگىللەردە، ھەتتا مۇھەممەد ئەمىن بۇغرا ئۈرۈمچىگە يېتىپ بارغان 1945-يىلىنىڭ ئۆكتەبىر ئايلىرىدا، ئۇ بۇ قېتىملىق ئىنقىلابنىڭ ئىجابىي نەتىجە بېرىشىنى ھەمدە ۋەتەننىڭ ھۈررىيەتكە باغلانغان تەقدىرىنى ھەل قىلىشىنى تولىمۇ ئۈمىد قىلغان ئىدى. ھالبۇكى، شەرقىي تۈركىستان جۇمھۇرىيىتىنىڭ ئاي-يۇلتۇزلۇق گۇۋاھنامىسىنى كۆتۈرۈپ كەلگەن ئىلى ۋەكىللىرىنىڭ ئۇزۇن ئۆتمەيلا سوۋېت ئىتتىپاقىنىڭ بېسىمى بىلەن «ئۆزگىرىش» قىلغان تەرەپ دېگەن سالاھىيەتكە چۈشۈپ قېلىشى؛ دەسلەپ «مۇستەقىللىق» تىن باشلانغان سۆھبەت شەرتىنىڭ كېيىنچە «يۈكسەك مۇختارىيەت» كە، ئەڭ ئاخىرىدا «يەرلىك ئاپتونومىيە» گە ئۆزگىرىشى، بۇغرانى قاتتىق ئۈمىدسىزلەندۈرگەن ئىدى.
دەرۋەقە، 8 ئايغا سوزۇلغان تالاش-تارتىشلاردىن كېيىن، ئاخىرى «تىنچلىق بىتىمى» نىڭ قوشۇمچە ھۆججىتى، يەنى ھەربىي ئىشلارغا ئائىت كېلىشىمگە ئىمزا قويۇلىدۇ. بۇنىڭ بىلەن ئىلىدىكى شەرقىي تۈركىستان جۇمھۇرىيىتى تارقىتىلىپ، ئۈچ ۋىلايەتتە ۋالىي مەھكىمىلىرى تەسىس قىلىنىدۇ. «بىتىم» نىڭ روھى بويىچە ئۆلكىلىك بىرلەشمە ھۆكۈمەتنى تېزدىن تەشكىل قىلىش، ئۇنىڭ تەشكىلىي تەركىبىگە كىرىدىغان ھەيئەت ئەزالار بىلەن ھۆكۈمەتنىڭ ھەرقايسى ئورگانلىرىغا مەسئۇل بولىدىغان كىشىلەرنىڭ نامزاتىنى بېكىتىش ئىشى كۈنتەرتىپكە قويۇلىدۇ.

1946-يىلى 6-ئايدا ئۆلكىلىك بىرلەشمە ھۆكۈمەتنىڭ 25 نەپەر ئەزاسى ئېلان قىلىنغاندا، مۇھەممەد ئەمىن بۇغرا، ھۆكۈمەت ھەيئىتى، قوشۇمچە تەمىرات (قۇرۇلۇش) نازارىتىنىڭ نازىرلىقىغا تەيىنلىنىدۇ. ھالبۇكى، مۇھەممەد ئەمىن بۇغرانىڭ بىرلەشمە ھۆكۈمەتتە قايسى ۋەزىپىگە قويۇلۇش مەسىلىسىدە، گومىنداڭ مەركىزىي ھۆكۈمىتى، سوۋېت ئىتتىپاقى ۋە ئىلى تەرەپ ئوتتۇرىسىدا ئۈچ تەرەپلىك تالاش-تارتىش ۋە پىكىر ئىختىلاپى تۇغۇلىدۇ. گومىنداڭ مەركىزىي ھۆكۈمىتىنىڭ ۋەكىلى جاڭ جىجۇڭ كېيىنكى مەزگىللەردە يازغان ئەسلىمىسىدە، ئەسلىدە مۇھەممەد ئەمىن بۇغرانىڭ مائارىپ نازارىتىنىڭ نازىرلىقىغا كۆرسىتىلگەنلىكى، ئەمما ئىلى تەرەپ بۇ ئورۇنغا سەيپىدىن ئەزىزىنى كۆرسەتكەنلىكى ئۈچۈن، بۇغرانىڭ تەمىرات نازارىتىنىڭ نازىرلىقىغا تەيىنلەنگەنلىكىنى تىلغا ئالغان.

تەيۋەن «دۆلەتلىك تارىخ سارىيى» يېقىندا مەخپىيەتلىكىنى بىكار قىلغان گومىنداڭ دەۋرىدىكى بىر قىسىم ئارخىپ ھۆججەتلىرى ئىچىدىكى مۇھەممەد ئەمىن بۇغراغا مۇناسىۋەتلىك ئارخىپلار، بۇ مەسىلىدە باشقىچە بىر ئەھۋالنى ئاشكارىلايدۇ. يەنى ئۇنىڭدا دېيىلىشىچە، 1946-يىلى ئىلى تەرەپ مۇھەممەد ئەمىن بۇغرانى ئۆلكىلىك بىرلەشمە ھۆكۈمەتنىڭ مۇئاۋىن رەئىسلىكىگە كۆرسەتكەن، ئەمما سوۋېت ئىتتىپاقى بۇ تەكلىپكە قارشى چىققان. بۇنىڭ بىلەن ئەسلىدە تەمىرات نازارىتىنىڭ نازىرلىقىغا كۆرسىتىلگەن بورھان شەھىدى مۇئاۋىن رەئىسلىككە، مۇھەممەد ئەمىن بۇغرا بولسا تەمىرات نازىرلىقىغا ئالماشتۇرۇلغان. گومىنداڭ ئىستىخبارات خادىمى ۋەن سۇڭ تەرىپىدىن 1948-يىلى 12-مايدا بورھان شەھىدى توغرىسىدا جياڭ جيېشىغا يوللانغان مەخپىي دوكلاتتا مۇنداق دېيىلگەن: «مىنگونىڭ 35-يىلى (1946-يىلى) ئىلى ئۆزگىرىنى قوزغىغان تەرەپ بىلەن تىنچلىق سۆھبىتى ئۆتكۈزۈلگەن ۋاقىتتا، ئىلى تەرەپ ئەسلىدە بورھان (شەھىدى)نى شىنجاڭ ئۆلكىلىك تەمىرات نازارىتىنىڭ نازىرلىقىغا، مۇھەممەد ئەمىننى ئۆلكىنىڭ مۇئاۋىن رەئىسلىكىگە كۆرسەتكەن. ھالبۇكى، سوۋېت ئىتتىپاقى مۇھەممەد ئەمىن ئىشەنچلىك كىشى ئەمەس، ئۇنىڭ سىياسىي كىرىدېتى بورھان (شەھىدى)غا يەتمەيدۇ، دەپ قاراپ، ئەخمەتجان ئارقىلىق بۇ پىكرىنى يەتكۈزگەن. بۇنىڭ بىلەن ئۇلارنىڭ ۋەزىپىسى ئالماشتۇرۇلۇپ، بورھان (شەھىدى) مۇئاۋىن ئۆلكە رەئىسلىكىگە، مۇھەممەد ئەمىن تەمىرات نازىرلىقىغا تەيىنلەنگەن. بۇنىڭدىن سوۋېت تەرەپنىڭ بورھانغا قانچىلىك ئىشىنىدىغانلىقىنى كۆرۈۋېلىشقا بولىدۇ»

دېمەك، مۇھەممەد ئەمىن بۇغرا ئۈچ تەرەپ ئوتتۇرىسىدىكى مانا مۇشۇنداق جىددىي تالاش-تارتىشلاردىن كېيىن، تەمىرات نازارىتىنىڭ نازىرلىقىغا تەيىنلەنگەن ئىدى. ئۇ كېيىنكى كۈنلەردە «شىنجاڭ گېزىتى» مۇخبىرىنىڭ مەخسۇس زىيارىتىنى قوبۇل قىلغاندا، مائارىپنىڭ شەرقىي تۈركىستان خەلقىنى ئويغىتىش ۋە تەربىيەلەشتىكى رولىنىڭ ئىنتايىن مۇھىملىقىنى تەكىتلەپ، «ئەسلىدە مەن تەمىرات نازىرى بولماي، مائارىپقا مەسئۇل بولغان بولسام، بۇ مېنىڭ ئۈچۈن ئەڭ مەمنۇنىيەتلىك بىر ۋەزىپە بولغان بولاتتى، ئەمما ھازىر تەمىرات نازىرىمەن، ئەلۋەتتە، بۇمۇ مۇھىم بىر ۋەزىپە» دېگەن ئىدى.
مۇھەممەد ئەمىن بۇغرا گەرچە ئۆزىنىڭ ئىلگىرىكى كەسپىي ساھەسى ۋە خىزمەت تەجرىبىلىرى بىلەن ئانچە مۇناسىۋىتى بولمىغان تەمىرات نازارىتىگە مەسئۇل قىلىنغان بولسىمۇ، ئەمما مۇستەقىل تەتقىقاتچى تاران ئۇيغۇر تەكىتلىگەندەك، ئۇ ھېچۋاقىت تەمىرات نازارىتىنىڭ خىزمىتىگە ئېتىبارسىز قارىمىغان ئىدى. ئۇ تەمىرات نازارىتىگە مەسئۇل بولغان ئاشۇ يىللاردا پۈتۈن زېھنى ۋە ئىمكانىيەتلىرىنى ئۇزۇن يىللاردىن بۇيان تاشلىنىپ قالغان ۋەتەننىڭ قۇرۇلۇش ئىشلىرىغا، بولۇپمۇ يېزا-ئىگىلىك، يول-كۆۋرۈك، سانائەت ۋە كانچىلىق، مۇھىت ۋە تەبىئىي ئاپەت قاتارلىق ساھەلەرنىڭ تەمىرىگە قاراتقان ئىدى.

پىروفېسسور ئالىمجان ئىنايەتنىڭ تەكىتلىشىچە، شۇ يىللاردا مۇھەممەد ئەمىن بۇغرا ئۈرۈمچى ئەتراپىدا تۆمۈر ۋە مەدەن كانلىرىنى ئېچىش، تۇرپان ۋە سانجى ئەتراپىدا تاشيول ھەم كۆۋرۈك قۇرۇلۇشلىرىنى ئېلىپ بېرىش، شىمالدىكى رايونلاردا يۈز بەرگەن چېكەتكە ئاپىتىگە تاقابىل تۇرۇش، جەنۇبتىكى ۋىلايەت ناھىيەلەرنىڭ ئاساسىي ئۇل ئەسلىھەلىرىنى رېمۇنت قىلىش قاتارلىق خىزمەتلەرگە رىياسەتچىلىك قىلغان. كۆپ ھاللاردا نەق مەيدانغا بېرىپ قوماندانلىق قىلغان ياكى ھال سورىغان. يۇرتنىڭ ئېغىر كىرىزىسقا پاتقان مالىيە قىيىنچىلىقىنى ھەل قىلىش؛ دېھقانچىلىق، سانائەت ۋە كانچىلىق ئىشلىرى ئۈچۈن جىددىي ئېھتىياجلىق ماشىنا سايمانلىرىنى تولۇقلاش ئۈچۈن، مۇھەممەد ئەمىن بۇغرا 1947-يىلى 9-ئايدىن 1948-يىلىنىڭ باشلىرىغا قەدەر نەنجىڭدا تۇرۇپ، گومىنداڭ مەركىزىي ھۆكۈمىتىنىڭ ھەرقايسى ئورۇنلىرىدىن ياردەم تەلەپ قىلغان. ئۇ بۇ جەرياندا 60 ساندۇق ماشىنا زاپچاسلىرى ھەل قىلغان بولسىمۇ، ئەمما ئۇنىڭ 28 ساندۇقى ئۈرۈمچىگە يېتىپ كېلەلىگەن.
مۇھەممەد ئەمىن بۇغرا تەمىرات نازىرى بولغان مەزگىللەردە يەنە نازارەت نامىدىن مەخسۇس ئېلان چىقىرىپ، ئۇيغۇرلارنى ئاساس قىلغان يەرلىك مىللەت ياشلىرىدىن گېئولوگىيە ۋە كانچىلىق ساھەسىدە مەخسۇس تېخنىك خادىملارنى تەربىيەلەپ-يېتىشتۈرۈش تۈرى تەسىس قىلغان. بۇنىڭغا قوبۇل قىلىدىغان نامزاتلارنىڭ ھەممىسىنى دېگۈدەك ئۇيغۇرلارنى ئاساس قىلىپ تاللىغان.

1948-يىلىنىڭ ئاخىرىغا كەلگەندە، گومىنداڭ مەركىزىي ھۆكۈمىتى يەنە بىر قېتىم «شىنجاڭ ئۆلكىلىك ھۆكۈمەت» تەشكىلىنى قايتا ئۆزگەرتىشكە مەجبۇر بولغان. ئۆلكە رەئىسى مەسئۇد سابىرى ۋەزىپىسىدىن ئېلىنىپ، ئۇنىڭ ئورنىغا كوممۇنىستلارغا ۋە سوۋېت ئىتتىپاقىغا ماھىل بورھان شەھىدى رەئىسلىككە تەيىنلىنىدۇ. گومىنداڭ ھۆكۈمىتى سوۋېت ئىتتىپاقىنىڭ رايوندىكى تەسىرىنى چەكلەش، تەرەپلەر ئارىسىدىكى كۈچ تەڭپۇڭلۇقىنى ساقلاش ئۈچۈن، ئىدېئولوگىيە جەھەتتىن سوۋېت ئىتتىپاقىغا ۋە كوممۇنىزمغا قارشى بولغان مۇھەممەد ئەمىن بۇغرانى مۇئاۋىن ئۆلكە رەئىسلىكىگە تەيىنلەيدۇ. ئامېرىكادىكى مۇستەقىل تەتقىقاتچى تاران ئۇيغۇر ئەپەندى، ئەينى ۋاقىتتا گومىنداڭ ھۆكۈمىتىنىڭ «شىنجاڭ ئۆلكىسى» نىڭ رەئىس ۋە مۇئاۋىن رەئىسلىرىنى بېكىتىش مەسىلىسىدە سوۋېت ئىتتىپاقى ئامىلىنى نەزەرگە ئېلىش مەجبۇرىيىتىدە قالغانلىقىنى، ئەگەردە «سوۋېتپەرەس» لىكى بىلەن بىلىنگەن بورھان شەھىدىنى ئۆلكە رەئىسى قىلغان تەقدىردە، «سوۋېتكە قارشى» بولغان مىللەتچى مۇھەممەد ئەمىن بۇغرانى مۇئاۋىن رەئىسلىككە تەيىنلەش ئارقىلىق، «كۈچ تەڭپۇڭلۇقى» ھاسىل قىلىشنى ئويلاشقانلىقىنى تەكىتلەيدۇ.
تۈركىيە ئەگە ئۇنىۋېرسىتېتى تۈرك دۇنياسى تەتقىقات ئىنستىتۇتىنىڭ پىروفېسسورى ئالىمجان ئىنايەت ئەپەندى، 1940-يىللارنىڭ ئىككىنچى يېرىمىدا «ئۈچ ئەپەندى» لەر دېگەن نام بىلەن تونۇلغان تۈرك مىللەتچىلىرى ئارىسىدا، مۇھەممەد ئەمىن بۇغرانىڭ ئىلى ئىنقىلابچىلىرى بىلەن نىسبەتەن مۆتىدىل مۇناسىۋەت شەكىللەندۈرگەن بىردىنبىر كىشى ئىكەنلىكىنى تەكىتلەيدۇ. ئۇ، مۇھەممەد ئەمىن بۇغرانىڭ مول بىلىم زاپىسىغا ئىگە بىر تارىخچى ۋە بىلىم ئادىمى بولۇشتەك ئىلمىي تەرىپى بىلەن 1930-يىللاردىكى خوتەن ئىنقىلابىنىڭ رەھبىرى بولۇشتەك سالاھىيىتىنىڭ ئەخمەتجان قاسىمى باشچىلىقىدىكى ئىلى ئىنقىلابچىلىرىدا ھۆرمەت تۇيغۇسى شەكىللەندۈرگەنلىكىنى، شۇنىڭ ئۈچۈنمۇ 1946-يىلى ئىلى تەرەپنىڭ مۇھەممەد ئەمىن بۇغرانى مۇئاۋىن ئۆلكە رەئىسى نامزاتىغا كۆرسەتكەنلىكىنىڭ ئەجەبلىنەرلىك ئەمەسلىكىنى تەكىتلەيدۇ.